Ecopolis Europe a été fondé en 2004 à Wageningen , Pays-Bas , par des représentants des universités, des gouvernements et des entreprises qui étaient à la recherche d'une alternative à l'approche fragmentée et cloisonnée (axée sur les domaines)  du développement durable.

 

Dès le début, l'objectif était de gérer Ecopolis Europe  comme une petite entreprise efficace et flexible. Pas une organisation qui fait la même chose que les autres, mais une organisation qui mobilise les connaissances et l’expertise de ses partenaires pour aborder ensemble les questions et les défis posés par la durabilité.